A área de transferência é compartilhada por todos os programas. Quando outro programa a está retendo, o ZunShot não consegue gravar nela.
Muitos apps usam a versão bitmap da área de transferência, que não tem transparência. Salve como PNG e insira o arquivo.

Alguns apps aceitam apenas arquivos, não imagens. Salve a captura e arraste o arquivo para o app.